Tiền thân là Công ty Công trình đô thị thị xã Quảng Ngãi, đơn vị sự nghiệp có thu trực thuộc UBND thị xã Quảng Ngãi được thành lập theo Quyết định số 868/QĐ-UB ngày 18/9/1989 của UBND tỉnh Quảng Ngãi. Công ty đi vào hoạt động ngày 01/4/1990.
UBND tỉnh Quảng Ngãi ban hành Quyết định số: 56/QĐ-UB ngày 01/01/1998 về việc thành lập Công ty Môi trường Quảng Ngãi trực thuộc UBND thị xã Quảng Ngãi.
Công ty Môi trường Quảng Ngãi đổi tên thành Công ty Môi trường Đô thị Quảng Ngãi theo Quyết định số 148/2003 QĐ-UB ngày 27/8/2003 của UBND tỉnh Quảng Ngãi và được chuyển giao chức năng quản lý nhà nước đối với Công ty từ UBND thị xã Quảng Ngãi sang Sở Xây Dựng Quảng Ngãi.
Được chuyển đổi thành Công ty TNHH MTV Môi trường Đô thị Quảng Ngãi theo Quyết định số 2958/ QĐ-UBND ngày 11 tháng 12 năm 2006 của UBND tỉnh Quảng Ngãi và do UBND tỉnh là chủ sở hữu.
Đến ngày 8/12/2009 UBND tỉnh Quảng Ngãi ban hành Quyết định số 2124/ QĐ-UBND chuyển Công ty TNHH MTV Môi trường Đô thị Quảng Ngãi thành Công ty Cổ phần Môi trường Đô thị Quảng Ngãi.
Ngày 26/04/2018, Công ty chính thức trở thành Công ty đại chúng căn cứ theo Công văn số 2685/UBCK-GSĐC của UBCKNN. Ngày 09/05/2018, Trung tâm Lưu ký Chứng khoán đã cấp Giấy chứng nhận đăng ký chứng khoán số 30/2018/GCNCP-VSD với mã chứng khoán: MQN.
Công ty tăng vốn từ 15.955.430.000 đồng lên 22.177.290.000 đồng từ việc phát hành cổ phiếu để trả cổ tức năm 2018.
Công ty tăng vốn từ 22.177.290.000 đồng lên 30.603.530.000 đồng từ việc phát hành cổ phiếu để trả cổ tức năm 2019.
Công ty tăng vốn từ 30.603.530.000 đồng lên 47.098.860.000 đồng.
Công ty tăng vốn từ 47.098.860.000 đồng lên 51.336.450.000 đồng.
Công ty tăng vốn từ 51.336.450.000 đồng lên 58.008.820.000 đồng.